在爆发1969年513种族冲突流血事件后，国家进入紧急状态，许多在野党领袖和社会活跃分子在内安法令下被逮捕。其中，林吉祥是其中一个在内安法令下被扣留的政治领袖。
林吉祥在1969年大选中选为马六甲市区国会议员，同年他在513暴就算身陷牢狱 依旧铁骨铮铮动后所展现的是毫无畏惧、铁骨铮铮不退缩的精神。
事发之前，林吉祥早已飞往亚庇为独立候选人站台，因为当时东马的州政府选举并没有与全国大选同步进行，而是在两周以后。
事发后林吉祥被沙巴州政府驱逐出境，转机到新加坡。尽管党员和支持者劝告他留在新加坡避难，但是他毅然选择从新加坡回到马来西亚，他不当政治逃兵，他表示“怎么可以在人民最需要我的时候选择逃？”林吉祥在1969年5月18日抵达梳邦国际机场后，迎接他的就是警察。
1970年10月1日林吉祥获释 。 林吉祥的太太在受访时说她当时不晓得林吉祥已被释放 ，当林吉祥自己 坐德士平安到家时，他们一家人都很高兴，那种心情是比中马票还开心。
林吉祥在扣留营的17个月通过函授方式自修法律课程，自我增值，完成了第一次考试。出狱后，林吉祥并没有放弃、持续学习、勤奋学习、终于考获律师专业资格。
第２次的煎熬和黑暗
林吉祥的太太和家人在1987年再历经第2次的煎熬和黑暗。这一次比之前的打击更加沉重，因为是林吉祥和林冠英父子双双被逮捕。
政府在1987年10月展开茅草行动，106人被逮捕，16名民主行动党全国领袖，即林吉祥、卡巴星、林冠英、P .巴都、郭金福、陈胜尧、V.大卫、沈同钦等在内安法令下被逮捕。
政府展开茅草行动以控制因为敏感课题的炒作而煽起的种族紧张气氛，并援引1960年马来西亚内安法令大规模地逮捕民主行动党的领袖、华团领袖和社运分子。3家报馆的出版准证被吊销，而所有任何形式的政治集会和会议也被禁止。
这一次的大逮捕，林冠英也入狱受苦，林吉祥感到更痛心和担心。林冠英是最早入狱却是最迟被释放的扣留者。
林吉祥历经了2次在内安法令下被扣留，包括1969年被关17个月，1987年至1989年被扣留18个月。虽然林吉祥面对牢狱之灾和政治迫害，他仍毫无惧怕的面对强权和霸权，在政治路上继续乘风破浪、坚毅前行。
